Sau cuộc chinh phục của người Hồi giáo ở Ai Cập vào thế kỷ thứ VII thì phương Tây đã mất liên lạc trực tiếp với Ai Cập và văn hóa của nước này. Ở thời Trung cổ Châu Âu, Ai Cập được miêu tả chủ yếu bằng hình ảnh minh họa và giải thích các câu chuyện trong Kinh thánh. Những hình minh họa này thường khá huyền ảo, vì hình tượng và phong cách của nghệ thuật Ai Cập cổ đại, kiến trúc Ai Cập cổ đại và trang phục phần lớn chưa được biết đến ở phương Tây. Bối cảnh đầy kịch tính của Sự kiện tìm thấy Moses, Ôn dịch ở Ai Cập, Sự chia cắt Biển Đỏ và câu chuyện về Joseph ở Ai Cập, và từ Tân Ước với sự kiện trốn sang Ai Cập thường được tìm thấy trong bản thảo thời Trung cổ. Kinh thánh thông diễn học có bản chất chủ yếu là thần học và ít liên quan đến việc điều tra lịch sử. Trong suốt thời Trung cổ, "Mummia" nếu là hàng thật, được làm bằng cách đập xác ướp, là sản phẩm tiêu chuẩn của các cửa hàng bàu thuốc[10].

Trong thời kỳ Phục hưng học giả Dòng Tên người Đức Athanasius Kircher đã đưa ra một "giải mã" mang tính ngụ ngôn về chữ tượng hình mà qua đó Ai Cập được coi là nguồn gốc của thuyết thần bí hoặc huyền bí trí tuệ. Trong giới giả kim, uy tín của "người Ai Cập" ngày càng tăng. Tuy nhiên, một số học giả vẫn hoài nghi[11] vào thế kỷ 16, Isaac Casaubon đã xác định rằng Corpus Hermeticum của Hermes Trismegistus vĩ đại thực ra là một tác phẩm của Hy Lạp vào khoảng thế kỷ thứ 4 CN (mặc dù tác phẩm của Casaubon là cũng bị Ralph Cudworth chỉ trích).